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實驗原理：
在保持組蛋白和DNA聯合的同時，染色質被切成很小的片斷，通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體，將目標片段（組蛋白發生特異標記的片段）沉淀下來。ChIP是利用抗原和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質的“protein A”特異性地結合到免疫球蛋白的Fc片段的現象合用開發出來的方法（免疫磁珠結合proteinA，proteinA結合抗體Fc段，抗體結合抗原即發生特異標記的組蛋白，這里要注意組蛋白是和DNA結合的，這樣就把目標組蛋白和DNA的復合體沉淀下來了）。再將組蛋白與DNA分離，用獲得的DNA去做PCR分析和序列測定等檢測技術，從而進一步檢測哪些基因的組蛋白發生了修飾。
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